Le site "Estuaire de la Loire externe" est presque exclusivement marin, à l'exception des îlots de la Baie de la Baule (en Loire-Atlantique) et de l'île du Pilier (en Vendée).
Il couvre une superficie totale de 80 200 ha depuis les îlots de la baie de la Baule au nord jusqu'à la Baie de Bourgneuf au sud, l'estuaire de la Loire à l'est et le Plateau des Boeufs au large de l'île de Noirmoutier.
Le périmètre du site s'appuie sur la limite du trait de côte de la Bernerie en Retz à Pornichet.
Carte du périmètre du site Natura 2000 Estuaire de la Loire externe :
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Le périmètre précis est visualisable avec l'outil cartographique dynamique du site internet de l'Office français de la biodiversité.